Uma das limitações do iptables é a ausência de funcionalidades que permitam a configuração de roteamento dos pacotes que chegam no sistema.

Por questões de desempenho, o número de regras de firewall que podem ser definidas no iptables é limitada a um número fixo (no máximo, 50 regras).

Um dos recursos utilizados constantemente no iptables é o NAT (Network Address Translation), onde somente a função de mascaramento (masquerading) é oferecida.

O pacote do iptables contém o programa para trabalhar com os protocolos IPv4 (através do comando iptables) e com os protocolos IPv6 (através do comando ip6tables).

O iptables é um programa com interface gráfica disponibilizado para facilitar a configuração do firewall para usuários iniciantes no Linux. Para a sua execução, não é necessária a permissão de administrador (root).