O Windows 2000 Professional e o Windows XP dão suporte aos sistemas de arquivos NTFS, FAT e FAT32.

É possível particionar um disco rígido em uma quantidade limitada de partições, a fim de que cada partição funcione como uma unidade independente.

Indica-se o uso de múltiplo particionamento de um disco rígido para criar partições de backup de dados ou para suporte à dupla inicialização com outro sistema operacional.

O sistema de arquivos FAT32 é o mais recomendado para uso em uma instalação do sistema Windows 2000, pois o FAT32 possui todos os recursos básicos do FAT e fornece mais vantagens em relação aos sistemas de arquivo NTFS. Adicionalmente, o desempenho de um sistema de arquivos com FAT32 não diminui à medida que o espaço ocupado da unidade aumenta na mesma proporção, como ocorre no NTFS.

Uma contra-indicação para uso do NTFS é quando se adota uma configuração de dupla inicialização, pois, nesse caso, talvez não se possa ter acesso aos arquivos nas partições NTFS do outro sistema operacional instalado no computador. Indica-se, nessas situações, o uso do sistema de arquivos FAT32.