Nas Comissões Intergestores, os gestores públicos de saúde poderão ser representados pelo Legislativo.

As Comissões Intergestores são espaços de acerto entre os entes da Federação para definição das regras da gestão compartilhada do SUS.

No âmbito da União, a Comissão Intergestores é vinculada ao Conselho Nacional de Saúde no que se refere à participação social.

Cabe às Comissões Intergestores pactuar as diretrizes para a composição da Rename (Relação Nacional de Medicamentos).

A definição das diretrizes para as questões operacionais das Regiões de Saúde situadas em fronteiras com outros países é de responsabilidade compartilhada entre a Comissão Intergestores Tripartite (CIT) e Comissão Intergestores Bipartite (CIB).