A ciclofosfamida tem sido mais freqüentemente utilizada nos casos de LES com glomerulonefrite mesangial, vasculites do sistema nervoso central e no lúpus cutâneo subagudo.

Ao contrário do que ocorre na artrite reumatóide, nenhum agente imunobiológico está atualmente aprovado e disponível para o tratamento do LES.

A hidroxicloroquina está indicada no tratamento de todos os pacientes com LES, a não ser que ocorra intolerância ou eventos adversos, pois há evidências de que este medicamento reduza a incidência de crises de atividade da doença, dentre outros efeitos benéficos.

Os glicocorticóides são a base do tratamento do LES, devendo ser utilizados em doses mínimas de 1mg/kg/dia por um período não inferior a 45 dias para o controle das manifestações cutâneas, articulares e hematológicas da doença.