O último estágio da despesa, o pagamento, é a constatação do direito adquirido pelo credor, tendo por base títulos e documentos probatórios do respectivo crédito. Esse estágio, que tem por finalidades reconhecer ou apurar a origem e o objeto do que se deve pagar, a importância exata a pagar e a quem se deve pagar para se extinguir a obrigação, é efetuado no SIAFI pelo documento nota de lançamento.

O procedimento de liquidação, segundo estágio da despesa pública, é efetuado por tesouraria, mediante registro no SIAFI da respectiva ordem bancária (OB), a qual deve ter como favorecido o credor do empenho. Esse pagamento normalmente é efetuado por meio de crédito em conta bancária do favorecido, uma vez que a OB especifica o domicílio bancário do credor a ser creditado pelo agente financeiro do Tesouro Nacional.

O empenho, primeiro estágio da despesa, é o ato emanado de autoridade competente que cria para o Estado a obrigação de pagamento, pendente ou não, de implemento de condição. O registro do empenho no SIAFI se dá por meio de uma nota de empenho (NE), que caracteriza o comprometimento de despesa orçamentária, sempre atendidos os limites estritamente legais. Dessa forma, a NE é a materialização do primeiro estágio da despesa.

Se a despesa estiver legalmente empenhada, o Estado é obrigado a efetuar o pagamento, uma vez que o implemento de condição estará incluído. Nesse caso, a liquidação ocorrerá quando o responsável autorizar por meio de uma nota de liquidação e pagamento.