A infecção é a mais importante complicação associada à alimentação parenteral.

O sódio plasmático, especialmente nos primeiros dias de vida, é um importante parâmetro a ser considerado. Valores aumentados podem corresponder à falta de fluidos, e excesso de fluidos resulta em valores baixos.

O uso de soluções com lipídeos pode causar problemas, entre os quais, deslocamento da bilirrubina de sua ligação com a albumina, piora da função pulmonar, aumento do risco de doença pulmonar crônica e interferência com a função imune ou plaquetária.

Zinco, cromo e selênio são excretados pela bile. Seu uso é contraindicado na vigência de colestase com bilirrubina direta maior que 2,0 mg/dL.