O material de embalagem deve ser compatível com o processo esterilizante e adequado para garantir a esterilidade. Embalagens compostas por papel e filme devem ser colocadas com o papel para baixo.

O material, devidamente embalado, deve ser colocado na câmara da autoclave desligada, não ultrapassando 2/3 de sua capacidade total e sem encostar-se às laterais, para que o vapor possa circular em todo o material.

O instrumental deve ser armazenado em local exclusivo, separado dos demais, em armários fechados, protegido de poeira, umidade e insetos, mantido respeitando-se o prazo de validade da esterilização.

O tempo de armazenamento do material esterilizado depende da integridade do material de embalagem, da estocagem adequada e do manuseio reduzido após o processamento. Instrumentos não embalados possuem tempo de validade de 7 a 14 dias.