Apesar de não constar do rol das causas extintivas da punibilidade (CPM, art. 123), o perdão judicial está presente no Código Penal castrense, em caso único, diga-se de passagem.

O instituto da retratação do agente, nos casos em que a lei admite, previsto no rol das causas extintivas da punibilidade do Código Penal comum (art. 107, VI), não foi previsto no CPM.

O ressarcimento do dano no peculato culposo, da mesma forma com que é tratado no Código Penal comum, conduz a uma extinção da punibilidade limitada, visto que não aproveita as demais formas de peculato.

Apesar de estar previsto no rol das causas extintivas da punibilidade do CPM (art. 123, V), o instituto da reabilitação, assim como ocorre no CP comum, não só deixou de ser causa extintiva