Na etapa de armazenamento, estão envolvidas as atividades de recepção/recebimento, estocagem e controle de estoque.

As áreas de estocagem devem estar bem sinalizadas, de forma que permitam sua fácil visualização, tenham circulação livre e possuam área comum para o armazenamento de produtos de controle especial como: termolábeis, psicofármacos, imunobiológicos, inflamáveis e material médico-hospitalar.

Produtos sensíveis à umidade devem ser conservados em frascos hermeticamente fechados ou conter substâncias dessecantes.

Para a estocagem adequada de diferentes tipos de produtos a serem armazenados, deve-se dispor de área física, instalações apropriadas, equipamentos, acessórios, normas e procedimentos, pessoal treinado.

A denominação Central de Abastecimento Farmacêutico (CAF) é utilizada especificamente para medicamentos, sendo assim chamada para diferenciar-se dos termos inadequados: almoxarifado, depósito, armazém e outros espaços físicos destinados à estocagem de todos os tipos de materiais.