Os camundongos isogênicos, embora tenham em torno de 99% de homozigose após 20 gerações de acasalamento entre irmãos, ainda podem apresentar uma heterozigose residual que, associada à pressão de seleção natural, pode determinar regressão da isogenia. Os métodos de controle genético como o monitoramento da variabilidade genética por simulações computadorizadas, marcadores bioquímicos, moleculares, imunológicos ou análises genéticas quantitativas de variáveis fisiológicas, são importantes para o manejo de colônias isogênicas.