A causa hereditária mais comum é a genética.

A síndrome de interrupção da haste hipofisária tem como característica déficits hormonais múltiplos.

As causas hereditárias de hipopituitarismo incluem defeitos de receptores hormonais, alterações estruturais da hipófise/haste hipofisária, defeito nos fatores de transcrição e mutação dos hormônios.

Mutações nos genes Lhx-3, Lhx-4, Hesx-1, OTX2, Gli2 e SOX3 estão associadas à neuro-hipófise ectópica.

Mutações que afetam fatores de transcrição no desenvolvimento hipofisário, como Lhx-3, Lhx-4 e Hesx-1, estão associadas a alterações anatômicas hipofisárias além das falências hormonais.