Sequenciar o peptídeo do qual o espectro de massas foi obtido.

“Simplificar“ o espectro de massas somando o sinal dos isótopos de cada envelope isotópico e representá-los apenas como sendo do pico monoisotópico. Representar todos os íons do espectro em apenas um estado de carga (geralmente +1).

Computacionalmente limpar picos oriundos de “ruído” do espectro de massas.

Aplicar processamento intermediário necessário para a identificação de peptídeos.

Aplicar a transformada de Fourier no espectro para permitir sua identificação.