O fogo em período de seca e a expansão urbana são as principais ameaças às UC no DF, importantes para a preservação do bioma cerrado.

A UC de Águas Emendadas, em Sobradinho, tem valor ecossistêmico muito alto, pois é área de recarga de aquíferos da bacia do rio Descoberto, principal fornecedor de água para o DF.

O Parque Nacional de Brasília e a Área de Proteção Ambiental de Águas Emendadas permitem o uso sustentável de seus territórios por atividades humanas, como a agropecuária, que já existiam antes da criação dessas UC.

O uso sustentável das UC permite, para além da agropecuária, o turismo de natureza e o lazer, como se pode verificar no Parque da Cidade, no Parque do Guará e no Parque Três Meninas em Samambaia.

Grande parte das UC no DF se encontra afastada de áreas urbanas por zonas de amortecimento, como os parques urbanos e as áreas de uso rural.