As autarquias são criadas por lei específica para exercer atividades típicas do Estado, enquanto as autarquias especiais são criadas para exercer atividades atípicas do Estado;

As autarquias são vinculadas a um ministério ou órgão central da administração pública, enquanto as autarquias especiais são vinculadas a um órgão de controle externo, como um tribunal de contas;

As autarquias têm personalidade jurídica de direito público e gozam de prerrogativas como imunidade tributária, enquanto as autarquias especiais têm personalidade jurídica de direito privado e estão sujeitas às mesmas obrigações e restrições das empresas privadas;

As autarquias têm autonomia administrativa, financeira e patrimonial, enquanto as autarquias especiais têm autonomia apenas administrativa, sendo financeiramente vinculadas ao órgão ou entidade que as criou;

As autarquias são criadas por lei complementar, enquanto as autarquias especiais são criadas por lei ordinária, com a finalidade de exercer atividades específicas de interesse público