É um processo administrativo no qual se julga a incapacidade de o guarda-marinha, do oficial da ativa e o da reserva remunerada permanecerem na ativa ou na situação de inatividade.

Pacificou-se no âmbito do Supremo Tribunal Federal que a decisão proferida pelo Superior Tribunal Militar, em sede de Conselho de Justificação, é de natureza administrativa.

Seu prazo de conclusão é de 30 dias, a contar da nomeação, podendo, excepcionalmente, ser prorrogado por mais 15 dias, a requerimento do Presidente do Conselho.

O justificante pode estar presente a todas as sessões, inclusive à sessão de deliberação do relatório.

O oficial da ativa das Forças Armadas, acusado oficialmente de ter tido conduta irregular, ao ser submetido a Conselho de Justificação, é automaticamente afastado do exercício de suas funções.