Segundo entendimento do Superior Tribunal Militar, o alcance normativo do acordo de não persecução penal não está circunscrito ao âmbito do processo penal comum, sendo possível invocá-lo subsidiariamente ao Código de Processo Penal Militar.

A despeito da dicção legal, é cabível a celebração de acordo de não persecução penal nos crimes com resultado violento, se esse componente (violência) não se manifesta na conduta.

O Supremo Tribunal Federal firmou tese de retroatividade do acordo de não persecução penal a fatos anteriores à Lei 13.964/19, desde que não recebida a denúncia.

As decisões do Supremo Tribunal Federal e do Superior Tribunal de Justiça têm sido no sentido de negar a existência de direito subjetivo do indiciado à celebração do acordo, ainda que preenchidos os requisitos, reforçando seu caráter negocial e de estratégia político-criminal.