Quanto melhor o “encaixe” (isto é, interações com grupos funcionais) e a complementaridade das propriedades superficiais de um fármaco, maior será sua afinidade e maior poderá ser sua atividade biológica.

Estudos sobre as relações estrutura-atividade (SAR) são de grande importância na química e bioquímica modernas e procuram racionalizar a procura por compostos com propriedades desejadas de uma forma matematicamente quantificada e computadorizada. No entanto, essas técnicas podem ser utilizadas somente em compostos já sintetizados.

Entre os estudos sobre as relações estrutura-atividade (SAR) pode-se citar relações quantitativas entre a estrutura química e a atividade biológica (QSAR), ou entre a estrutura química e algum tipo de propriedade físico-química (QSPR). No entanto, essas técnicas podem ser utilizadas somente em compostos já sintetizados.

As interações de um fármaco com seu receptor biológico são determinadas por forças gravitacionais, como as interações lipofílicas, polares, eletrostáticas e estéreas.