FISH é utilizada para a identificação de toxinas.

FISH é empregada para determinar a estrutura de proteína solúvel quanto associada às membranas celulares.

FISH é utilizada para análise molecular e precisa de localização microscópica de ácidos nucleicos como DNA, mRNA and microRNA em preparações de tecido.

FISH é utilizada para a detecção de lipídios específicos nas membranas celulares e mapeamento das regiões de plataformas de lipídio ao longo da membrana plasmática, servindo como base de comparação para distribuição de tais lipídios entre duas células distintas.

FISH é empregada na identificação específica de bactérias patogênicas e, ainda, para determinar a relação evolutiva entre duas espécies biológicas por meio da comparação de regiões de seus genomas.