O importante é realizar a limpeza de maneira correta utilizando-se EPI adequado e, após, seguir com o procedimento de esterilização ou desinfecção.

A ação de desinfetantes (p.ex.:água sanitária e glutaraldeído) em presença de matéria orgânica é absolutamente segura e sua utilização prévia à esterilização, como descontaminante, é aconselhada.

O procedimento de limpeza consiste de remoção manual da sujidade por meio de ação física aplicada à superfície do material, utilizando detergente, escova e/ou esponja e água.

Um ótimo produto para melhorar a qualidade da limpeza e preservar o instrumental cirúrgico é o detergente enzimático, produzido por várias empresas, em diversas marcas. Ele atua em proteínas e gorduras que se depositam e aderem aos materiais, facilitando a limpeza.