Na análise qualitativa busca-se comparar as características dos medicamentos, de acordo com critérios hierarquicos de racionalidade como indicação, eficácia e segurança, comodidade e custo do tratamento.

Na seleção prioriza-se os medicamentos que apresentem fármacos em associação como forma de ampliar o espectro de ação do medicamento e facilitar a adesão do tratamento.

O método quantitativo fundamenta-se em modelos de análise farmacoeconômica e deve se sobrepor às avaliações do método qualitativo.

Nas análises pelo método quantitativo (farmacoeconômico) utiliza-se sempre o critério de priorizar a disponibilidade no mercado do medicamento mais inovador (novidade terapêutica) com indicação para mais de uma enfermidade.

Atualmente no SUS não se utiliza mais como parâmetro para seleção a Relação Nacional de Medicamentos Essenciais (Rename).