As faringotonsilites bacterianas, condição frequente nos pronto atendimentos, correspondem à maior parte das infecções em crianças menores de dois anos de idade, necessitando de antibioticoterapia quando diagnosticadas.

A mononucleose muitas vezes se apresenta semelhantemente a uma infecção bacteriana faríngea. Apesar de o vírus Epstein-Barr ser o principal agente etiológico, outros vírus também podem ser causadores dessa afecção, como o Citomegalovírus e o Adenovírus

infecção faríngea pelo Streptococcus pyogenes beta-hemolítico do grupo A, quando tratada precocemente, previne complicações como febre reumática, glomerulonefrite aguda, escarlatina, complicações supurativas como abscessos e síndrome do choque tóxico

Avalia-se o tratamento cirúrgico quando o tratamento medicamentoso não é efetivo e estiverem presentes os critérios de Paradise (ou seja, mais do que sete episódios de amigdalite bacteriana em um ano ou três episódios por ano, em dois anos consecutivos).