Os membros da COFIEX fazem jus à remuneração complementar por participação na Comissão.

O Presidente da COFIEX será o Secretário - Executivo do Ministério do Planejamento, Orçamento e Gestão.

Por conta do papel estratégico desenvolvido pela COFIEX, esta, por meio do Decreto Federal nº 3.502/2000, passou a dotar de quadro próprio, mantendo-se, apenas, o apoio técnico já prestado pelos órgãos e entidades nela representados.

A Secretaria-Executiva da COFIEX, hierarquicamente, trabalha em pé de igualdade com a Secretaria de Assuntos Internacionais do Ministério do Planejamento, Orçamento e Gestão.

O Secretário-Executivo da COFIEX será determinado por meio de votação entre os integrantes da Comissão.