Na transmissão urbana, os principais vetores são os mosquitos do gênero Haemagogus e Sabethes. Já no ambiente silvestre, o principal vetor é o Aedes aegypti.

A partir de 1999, com a observação da ocorrência concomitante da morte de primatas não-humanos (macacos) e casos humanos de febre amarela, o Brasil passou a adotar a vigilância de epizootias em primatas como evento de alerta contra a circulação do vírus.

O modo de transmissão ocorre a partir de mosquitos, fêmeas, que se infectam quando vão se alimentar de sangue de primata (macaco) ou do homem infectado com o vírus da febre amarela.