As penicilinas estão em desuso na endocardite infecciosa como primeira opção, pois se tem observado resistência bacteriana cada vez maior em estudos prospectivos realizados nos últimos anos.

Tendo em vista os germes mais prevalentes, deve-se iniciar terapêutica empírica com penicilina G cristalina ou ceftriaxone mais gentamicina. A vancomicina é reservada para casos de alergia a penicilinas.

O tratamento clínico inicial deverá ser baseado na identificação do germe e no antibiograma, mas, na ausência destes, deve-se utilizar preferencialmente vancomicina como primeira opção pelo espectro ampliado para estafilococos resistentes.

Após início da antibioticoterapia, o paciente deve ser prontamente conduzido ao centro cirúrgico sob risco embolização e sepse grave.

Os microrganismos mais prevalentes em endocardite de valva nativa são grupo HACEK e gram-negativos.