A preocupação com o transgene após a colheita e degradação de restos culturais justifica-se pelo fato de haver a possibilidade deste transgene ser incorporado por outros organismos, principalmente bactérias e fungos.

O protocolo de biossegurança é o conjunto de procedimentos aceitos por uma comunidade científica regional para proteger a saúde humana, a saúde animal e o ambiente de potenciais impactos do uso da biotecnologia e de seus produtos.

Na avaliação de risco é observado, por exemplo, o efeito de plantas transgênicas em espécies não-alvo, ou seja, espécies que fazem parte do propósito direto do procedimento investigacional, mas que não são OGMs.

Um ponto importante para a análise de risco de um OGM de origem vegetal é fluxo gênico, que pode acontecer de forma horizontal e vertical, sendo o horizontal mais comum de ser observado.