O exame físico minucioso do recém-nascido deverá ser feito preferencialmente antes que ele complete 24 horas de vida.

Inspeção, palpação, percussão e ausculta devem ser aplicadas nos diversos segmentos examinados do recém-nascido. Avaliação dos sinais vitais, observação da ocorrência de diurese e evacuações e verificação de medidas antropométricas fazem parte do exame físico do recém-nascido.

Equimoses são manchas comuns nos recém-nascidos que sofrem tocotraumatismo. As localizadas na face são chamadas de máscara cianótica ou equimótica, geralmente sem relevância clínica.

Abdome escavado é uma característica que poderá indicar hérnia diafragmática.

A distopia testicular é a ausência de testículos na bolsa escrotal ou no canal inguinal.