O DNA possui carga negativa naturalmente e, por esse motivo, suas moléculas migram em direção ao cátodo.

A velocidade da migração não é influenciada pelo tamanho da molécula.

Utiliza-se agarose de baixo ponto de fusão (Low Melting) como alternativa para separação de moléculas de aproximadamente 1 kb. Para fragmentos maiores de 50 kb, utiliza-se eletroforese de campo pulsado.

Para a migração adequada, é importante que o gel esteja levemente umedecido pela solução tampão; caso contrário, pode provocar deformidades no campo elétrico.

Consiste em uma solução exclusivamente de cátions livres e moléculas de DNA em suspensão, as quais são purificadas com aplicação de voltagem regular.