Em 1621 realizou-se mais uma divisão administrativa da colônia, desta vez entre o estado do Maranhão e Grão Pará, com capital inicialmente em São Luís e depois Belém, e o estado Brasil, com capital em Salvador, e a partir de 1763 no rio de Janeiro.

A administração da colônia, dividida em dois governos-gerais, voltou a ser unificada com o governador Martim Afonso de Sousa, de 1578 a 1608.

As capitanias hereditárias e os governos gerais continuariam convivendo até o século XVII, enquanto se dava a criação de capitanias da coroa, como a do Piauí e São Sebastião do Rio de Janeiro.