A principal coloração utilizada para a análise microbiológica microscópica do Líquido Cefalorraquidiano é a coloração de Gram

Na suspeita clinica de tuberculose a coloração da amostra biológica deve ser feita com Tinta da China

Quando há suspeita clínica de infecção fúngica ou quando estruturas fúngicas são destacadas pela coloração de Gram, outras colorações específicas como a de Ziehl -Neelsen devem ser utilizadas

A coloração de Sudam III é utilizada para identificação rápida de bacilos álcool ácido resistentes