De acordo com o CPPM, o prazo máximo para encerramento dos processos especiais será de sessenta dias, esteja o réu preso ou em liberdade.

No processo ordinário e nos processos especiais, é admitida a revelia de acusado preso ou solto. Estando o acusado preso, a revelia ocorrerá se ele se recusar a comparecer à instrução criminal; no caso de o acusado estar em liberdade, a revelia pode ser decretada se ele, tendo sido regularmente citado, não atender ao chamado judicial para o início da instrução criminal, ou se, previamente notificado, deixar de comparecer, sem justa causa, a ato do processo no qual seja indispensável sua presença.

Tanto no processo ordinário quanto nos processos especiais, é vedado ao Conselho de Justiça, na sessão de julgamento, dar nova definição jurídica ao fato, com aplicação de pena mais grave — salvo postulação expressa formulada pelo MP na referida sessão —, e reconhecer a presença de agravante ou proferir condenação nos casos em que o MP houver formulado pedido pela absolvição.

No processo ordinário e nos especiais, o fato de o agente ser militar é condição de procedibilidade, que perdura até o trânsito em julgado da decisão.

Os processos especiais, consoante preceito expresso do CPPM, serão julgados necessariamente pelo Conselho Especial de Justiça.