Como os répteis não possuem diafragma, eles dependem da musculatura torácica para ventilação. Tanto a inspiração quanto a expiração são processos ativos de modo que a depressão respiratória associada à anestesia pode ser mais profunda do que em espécies de mamíferos onde a expiração é um processo passivo.

Os músculos da ventilação incluem muitos dos mesmos músculos usados para a locomoção e por isso estas duas funções estão totalmente interligadas não podendo ser dissociadas. Os quelônios enfrentam ainda outros desafios respiratórios, uma vez que a expansão da cavidade torácica pelo movimento das costelas é diminuído.

A superfície ventral dos pulmões está ligada à carapaça enquanto a superfície dorsal é conectada às vísceras abdominais de modo que a inspiração é feita por redução da cavidade visceral, e a expiração ocorre forçando a vísceras contra os pulmões, expulsando o ar.

Os anéis traqueais dos quelônios tendem a ser completos e a traquéia muitas vezes se bifurca em uma porção muito proximal, de modo que a intubação orotraqueal deve ser preferencialmente realizada com sondas curtas e dotadas de balonete (cuff).