A Comissão de Farmácia e Terapêutica (CFT) é uma instância colegiada obrigatória, de caráter consultivo e deliberativo, que tem por finalidade selecionar medicamentos essenciais a serem utilizados no sistema de saúde nos três níveis de atenção, além de assessorar a gestão nas questões referentes a medicamentos.

Em geral, a CFT é composta por profissionais de saúde com várias formações, como, por exemplo, farmacêuticos, médicos, enfermeiros e cirurgiões-dentistas. É recomendado que os membros não pertençam ao quadro do Sistema Único de Saúde (SUS).

São atribuições da CFT: seleção de medicamentos essenciais; elaboração de protocolos clínicos e terapêuticos, pareceres técnicos e científicos e formulários terapêuticos; participação e estímulo à educação continuada sobre uso racional de medicamentos, além de poder contribuir com as discussões sobre judicialização de medicamentos.

Em situações específicas, como, por exemplo, uma seleção de medicamentos da área de infectologia, a CFT não pode convidar membros externos à CFT para as discussões, pois as decisões sempre devem ser tomadas apenas pelos membros permanentes da comissão. Isso é recomendado para se evitar conflito de interesses.