Para a coleta de lodo de esgoto e sedimento é necessária a adição de reagentes, tais como uma solução de álcool comercial 96° GL adicionado a formaldeído 40%. Deve ser evitado autoclavar os frascos, pois eles podem ser danificados; deve-se também evitar o uso de papel alumínio, pois ele pode contaminar as amostras devido a seu potencial mutagênico.

Em lagos, reservatórios e estuários o acúmulo de partículas finas ocorre na região mais profunda; em rios, nas margens deposicionais e nas áreas de remansos. A margem deposicional localiza-se no lado oposto ao da erosional, apresentando declive mais suave e, muitas vezes, bancos de macrófitas aquáticas enraizadas. Remansos ocorrem em trechos meândricos e pantanosos.

Qualquer que seja o tipo de ambiente amostrado (rios, lagos, reservatórios, estuários e oceanos), a coleta para avaliação da qualidade de sedimentos (biológica, física e química) geralmente ocorre nas áreas de deposição de sedimentos finos (argila), já que normalmente são nesses locais que os contaminantes são retidos e a comunidade bentônica é mais desenvolvida.

O número de réplicas para coleta de sedimento pode ser definido a partir de dados obtidos em amostragem prévia, utilizando fórmulas que se baseiam em valores de variância, desvio ou erro-padrão. No entanto, o número resultante de réplicas algumas vezes é inviável e opta-se por um número mínimo, considerando-se a capacidade analítica do laboratório e os custos em geral. Normalmente, faz-se de 3 a 5 réplicas.

A amostragem de sedimentos pode ser realizada utilizando pegadores ou testemunhadores (core sampler ou corer), que devem ser preferencialmente usados sobre uma superfície de apoio (ex.: barco ou plataforma): pegadores são utilizados em estudos da distribuição horizontal de variáveis físicas, químicas e biológicas dos sedimentos, enquanto que os testemunhadores se adequam a estudos da distribuição vertical (em perfil) dessas mesmas variáveis.