A amostra deve ser obtida a partir do local de infecção, de forma asséptica, para evitar contaminações e deve ser de tamanho suficiente para o inóculo. Os requisitos metabólicos para a sobrevivência do organismo devem ser mantidos durante a amostragem, armazenamento e transporte, sendo que a amostra deve ser processada o mais rápido possível.

O procedimento padrão para a obtenção de hemoculturas é realizado pela coleta asséptica de 10 a 20 mL de sangue arterial, o qual é injetado em dois frascos, um contendo anticoagulante e o outro sem. Um dos frascos é incubado sob condições de aerobiose e o segundo em condições anóxicas, sendo ambos mantidos a 35 ºC durante, no máximo, cinco dias.

Uma amostra de fezes é considerada estável e, por isso, longos intervalos entre a coleta e o processamento das amostras não são considerados um problema.

As amostras contendo patógenos comumente associados a infecções de ferimentos, tais como mordidas de animais ou humanas, queimaduras, cortes ou penetração de objetos, devem ser cuidadosamente coletadas a fim de permitir a recuperação de patógenos de interesse e devem ser mantidas em condições de aerobiose.