As Comissões Intergestores pactuarão a organização e o funcionamento das ações e serviços de saúde integrados em redes de atenção à saúde, sendo a Comissão Intergestores Regional - CIR, no âmbito regional, vinculada ao Ministério da Saúde para efeitos administrativos e operacionais, devendo observar as diretrizes da CIT.

As Comissões Intergestores pactuarão aspectos operacionais, financeiros e administrativos da gestão compartilhada do SUS, de acordo com a definição da política de saúde dos entes federativos, consubstanciada nos seus planos de saúde, aprovado pelo Conselho nacional de Saúde (CNS).

Serão de competência exclusiva da CIB a pactuação das diretrizes gerais para a composição da RENASES e dos critérios para o planejamento integrado das ações e serviços de saúde da Região de Saúde, em razão do compartilhamento da gestão.

Nas Comissões Intergestores, os gestores públicos de saúde poderão ser representados pelo Conselho Nacional de Secretários de Saúde - CONASS, pelo Conselho Nacional de Secretarias Municipais de Saúde - CONASEMS e pelo Conselho Estadual de Secretarias Municipais de Saúde - COSEMS.

As Comissões Intergestores pactuarão diretrizes gerais sobre Consórcios de Saúde, integração de limites geográficos, referência e contrarreferência e demais aspectos vinculados à integração das ações e serviços de saúde entre os municípios.