O uso de processos de biotransformação é atualmente considerado de alto custo e não muito vantajoso, o que impacta diretamente a competitividade industrial.

Os processos com base em biotransformação não podem ser considerados processos verdes presentes no desenvolvimento sustentável.

Apesar de apresentar diversas vantagens econômicas, o desenvolvimento tecnológico com base na bioconversão perdeu muito espaço em setores produtivos diversos, como o de alimentos, o de produtos para a agroindústria, o de cosméticos e, em especial, o de fármacos e medicamentos.

Infelizmente, não há necessidade do desenvolvimento autossustentável, que pressupõe o uso de matériasprimas renováveis por processos que gerem produtos de qualidade com tecnologias limpas.

Da perspectiva tecnológica, a vantagem mais explícita da bioconversão é sua capacidade inerente de realizar transformações químicas que seriam inviáveis ou economicamente desvantajosas pela via da síntese orgânica.