O processo anaeróbio tem limitações intrínsecas associadas à eficiência de remoção de matéria orgânica, nutrientes e outros compostos de menor biodegradabilidade, a exemplo dos surfactantes.

Os reatores anaeróbios, especialmente os do tipo UASB, são vantajosos por sua compactibilidade, uma vez que operam com menor tempo de retenção de sólidos (entre 8 e 10 horas) em comparação com outros sistemas de tratamento.

Apesar de apresentarem uma eficiência de remoção de matéria orgânica menor em comparação com outros sistemas de tratamento, os reatores do tipo UASB possuem a vantagem de remover coliformes por meio do decaimento bacteriano.

O biogás é um dos subprodutos gerados no tratamento de efluente por via anaeróbia e deve ser queimado para evitar oxidação as câmaras de gás de separadores trifásicos e na linha de gás