A maioria dos fármacos são ácidos fracos ou bases fracas, tanto na forma ionizada como não ionizada, e a constante de dissociação das duas formas são determinadas pela Equação de Handerson-Hasselbalch.

A espécie ionizada apresenta uma solubilidade lipídica muito baixa, dificultando a difusão através da membrana, exceto onde exista um mecanismo especifico de transporte.

O aumento do pH do plasma faz com que ácidos fracos sejam extraídos do SNC para o plasma.

A alcalinização da urina aumenta a eliminação de bases fracas e diminui de ácidos fracos.

A ionização afeta não apenas a velocidade com a qual os fármacos atravessam as membranas, mas também a distribuição de equilíbrio das moléculas dos fármacos entre compartimentos aquosos, se houver uma diferença de pH entre eles.