Na coloração pelo Gram a seqüência é: corar com cristal-violeta, lavar com água, corar com álcool-iodado (lugol), lavar com água, descorar com álcool-ácido, lavar com água, corar com fucsina diluída 1/10, lavar com água e secar.

A coloração com auramina e rodamina para micobactérias apresenta sensibilidade maior que as metodologias com carbol-fucsina.

Na coloração de Ziehl-Neelsen a seqüência é: cobrir a lâmina (esfregaço) com cristal-violeta, aquecer até emissão de vapor, lavar com água, cobrir o esfregaço com álcool-ácido 3%, lavar com água, cobrir com azul de metileno, lavar com água, deixar secar.

A coloração de Ziehl-Neelsen tem sensibilidade maior que a cultura para detecção de micobactérias.