Os endometriomas ovarianos apresentam grande quantidade de gordura no seu conteúdo, sendo extremamente dificil o diagnóstico diferencial com cistos dermoides.

Os ovários podem assumir o aspecto de “kissing ovaries”, estando aderidos um ao outro anteriormente ao útero.

Nível hemático em lesão ovariana é um sinal patognomônico de cisto hemorrágico, podendo afastar o diagnóstico diferencial com endometrioma.

As lesões de endometriose profunda apresentam-se com hipointensidade no T1 e no T2.

Os endometriomas ovarianos apresentam hiperintensidade de sinal em Tl e hipointensidade de sinal em T2 devido à presença de produtos de degradação da hemoglobina.