A febre amarela é sempre sintomática, podendo seu quadro clínico ser classificado em forma leve, moderada, grave e maligna, com letalidade entre 5% e 10%, podendo atingir 50% nos casos graves.

O quadro clínico, na classificação forma leve, é autolimitado com febre e cefaleia com duração de dois dias. Geralmente, não há direcionamento para o diagnóstico de febre amarela, com exceção em inquéritos epidemiológicos, surtos e epidemias.

O paciente, no quadro clínico moderado, apresenta, por dois a quatro dias, sinais e sintomas de febre, cefaleia, mialgia e artralgia, congestão conjuntival, náuseas, astenia e alguns fenômenos hemorrágicos como epistaxe. Pode haver subicterícia. Essa forma, assim como a leve, involui sem complicações ou sequelas.

O paciente, na classificação maligna, apresenta toxemia abrupta, náuseas, icterícia, hemorragias diversas e encefalopatia. Em torno de cinco a sete dias, instalam-se a insuficiência hepatorrenal e a coagulação intravascular disseminada. Mesmo, nessa forma, o paciente pode involuir dos sintomas em uma semana.