Os princípios organizativos representam a forma de organização e operacionalização do sistema, ou seja, a partir dos princípios doutrinários, os princípios organizativos são definidores de estratégias para que se concretize os valores fundamentais do SUS.

A descentralização político administrativa dá ênfase à questão multidirecional dos serviços em cada esfera do governo, sem hierarquização ou regionalização da rede de serviços para um alcance maior da população.

A universalidade de acesso aos serviços de saúde é entendida como um conjunto articulado e contínuo de ações e serviços de prevenção, exigidos para cada caso e em todos os níveis de complexidade do sistema.

A universalidade expressa que a rede de serviços deve estar atenta às desigualdades existentes para que suas ações sejam ajustadas às necessidades de cada parcela da população a ser coberta.