O canal anal anatômico começa na linha pectínea e se estende até a margem anal, já o canal anal cirúrgico estende-se do anel anorretal até a margem anal.

O canal anal cirúrgico, que é formado pelos músculos esfíncter externo, esfíncter interno e músculo puborretal, é mais longo nos homens que nas mulheres.

De seis a doze milímetros distais à linha pectínea, a zona de transição anal começa; essa zona é uma área de transição gradual do epitélio colunar para o epitélio pavimentoso.

Na base das colunas de Morgagni, localizam-se as criptas anais, que estão conectadas às glândulas anais subjacentes. Todas as glândulas têm uma cripta, mas nem todas as criptas têm uma glândula.