Um citômetro de fluxo tem 4 principais componentes: uma célula de fluxo (flow cell), uma fonte de luz, um sistema ótico/eletrônico e um computador para análise de sinais

As análises por SSC (Side Scatter) correlaciona-se com o volume celular, já as por FSC (Forward Scatter), dependem da complexidade interna da partícula, por exemplo: forma do núcleo, quantidade e tipo dos grânulos citoplasmáticos e rugosidade da membrana

Existem dois tipos de citômetros de fluxo produzidos comercialmente: citômetros de fluxo analisadores (bench-top analyzers) e citômetros de fluxo separadores/purificadores de células (Cell Sorters)

A identificação de moléculas de superfície celular ou intracitoplasmáticas é possivél através da utilização de anticorpos monoclonais conjugados a substâncias fluorescentes, os fluorocromos, que são capazes de emitir cor quando excitados por um LASER