A associação da EEo com alergias não sugere que o recrutamento de eosinófilos para o esôfago pode ser uma resposta imune a antígenos ambientais em indivíduos geneticamente predispostos.

A EEo é uma doença esofágica crônica, imunomediada por antígeno, caracterizada clinicamente por sintomas relacionados à disfunção esofágica e histologicamente por inflamação com predominância de eosinófilos.

Os mecanismos do sistema imunológico do hospedeiro na EEo relacionados à respostas mediadas pela imunoglobulina A pura (IgA) e as respostas retardadas do T auxiliar tipo 17 (Th17).

O esôfago normalmente é rico em eosinófilos, uma vez que eles são residentes permanentes no restante do trato gastrointestinal, começando durante o desenvolvimento embrionário inicial.

A patogênese da EEo não é completamente compreendida, mas envolve apenas fatores do sistema imunológico do hospedeiro.