A identificação de microalgas e cianobactérias é fundamental para o estudo desses microrganismos, seja para aplicações na indústria de biotecnologia, seja para análises ecológicas das comunidades fitoplanctônicas. O método mais rápido e direto é por microscopia ótica; no entanto, muitas vezes não é possível alcançar a identificação em nível de espécie apenas com base na morfologia. Outra ferramenta amplamente utilizada é a identificação por DNA, por meio da extração, amplificação e sequenciamento. Espécies de cianobactérias têm sido identificadas com eficiência utilizando-se o marcador molecular