Os ecossistemas terrestres são mais influenciados por organismos e sujeitos a flutuações ambientais muito mais amplas do que os ecossistemas aquáticos.

Os ecossistemas aquáticos são mais afetados pelas condições da água e possuem resistência a variáveis ambientais como a temperatura.

Por ser o ambiente físico tão importante no controle dos ecossistemas aquáticos, dá-se muita atenção às características físicas do ecossistema como as correntes e a composição química da água.

A ecologia aquática, denominada limnologia, não se limita à ecologia de cursos d'água, que estuda a vida em águas correntes, e à ecologia dos lagos, que se detém sobre a vida em águas relativamente estáveis, mas também ao estudo da vida em mar aberto e ambientes estuarinos.

A ecologia terrestre, que contém subdivisões para o estudo de florestas e desertos, por exemplo, abrange aspectos dos ecossistemas terrestres como microclimas, química e fauna dos solos, ciclos hidrológicos, ecogenética e produtividade.