Um dos impasses presentes no SUS brasileiro é a política clientelista que, no âmbito municipal, age na fragmentação do sistema e interfere na autonomia política da gestão de saúde local.

Um desafio presente para a garantia do SUS é a incapacidade de inserção do sistema único de saúde às lógicas neoliberais e privatistas, pois tal inserção auxiliaria no financiamento do sistema e na garantia de direitos à população.

Um dos problemas enfrentados pelo SUS é a incapacidade dos gestores em lidar com os recursos públicos, já que o sistema não apresenta situação de subfinanciamento e os recursos estão disponíveis de modo a garantir a implementação do sistema de saúde.

A proposta de regionalização do SUS e do cuidado às diferenças contextuais é um empecilho para o desenvolvimento do sistema de saúde que deveria se guiar por orientações universalizadas capazes de compreender de forma abrangente os agravos de saúde vividos pela população brasileira.

O princípio da equidade é um empecilho para o desenvolvimento das políticas públicas de saúde e apresenta-se como uma problemática no cotidiano dos profissionais, ainda mais quando esse princípio se sobrepõe ao acesso universal, o que gera ainda mais disparidades e desigualdades frente a diferenças vividas pela população.