Atualmente, os métodos de imuno-histoquímica e biologia molecular são os principais auxiliares do diagnóstico histopatológico nos grandes laboratórios. Contudo, no Brasil, nem sempre contamos com estes métodos, mais caros e complexos que outros, como as colorações especiais, ainda muito úteis no dia-a-dia. Para a pesquisa de micro-organismos nos tecidos, preferencialmente, deve-se utilizar, dentre outras possíveis, as seguintes colorações especiais: