O acasalamento de colônias de animais inbred deve seguir esquemas que evitem o cruzamento de indivíduos aparentados, como o esquema rotacional de Poiley ou Han rotacional.

No acasalamento de animais outbred, as colônias devem ser grandes o suficiente (mais de 100 casais ou unidades reprodutivas poligâmicas) para assegurar, por muitos anos, a heterozigose genética dos animais. Colônias pequenas devem utilizar métodos específicos de acasalamento que garantam menos de 99% de consanguinidade.

O acasalamento de animais geneticamente modificados (OGMs) requer condições especiais de manejo de suas populações. Estratégias de reprodução cuidadosamente desenhadas e assessoramento genotípico devem ocorrer sempre, com o objetivo de minimizar a possibilidade de animais com genótipos indesejáveis. O trabalho com OGMs requer autorização da Comissão Interna de Biossegurança (CIBio) ou da Comissão Técnica Nacional de Biossegurança (CTNBio).

Para cobaias, utiliza-se o método Poiley, sistema poligâmico, harém temporário (1 macho para 15 fêmeas).

Para hamsters, utiliza-se o método Poiley, sistema poligâmico, harém intensivo (1 macho para 5 fêmeas).